物語は前作「ソニックダイヴ」の数週間後からはじまります。 レイラは光の翼を背に空を飛ぶ飛翔能力の術者、その内には高等僧侶（ハイプーリスト）への 素質を秘める少女。 シグマ・ツーはジパングによって開発された白虎の顔を持つ屈強な強化人間である。 デザートシティの迷宮の奥深く眠る秘宝「クイーンの冠」を手に入れたレイラとシグマの2人は、多くの市民と冒険者たちから祝福と賞賛を受けていた。街の近隣に位置する穏やかな森に小さなログハウスを贈呈され、つかの間の休息をすごしていた。 しかし静かな森に息も凍るような寒波が押し寄せる、そしてアンデッドや吸血鬼の怪物が目撃されはじめていた。シグマは襲い掛かる邪悪な魔物たちを一掃、剣を振るい森を守る、だがレイラは邪悪な怪物の呪い「狼の毒」を受け昏睡状態に堕ちてしまった。 シグマはレイラを救うため再び立ち上がり剣を手にする、呪いを解くための魔法の秘薬を手に入れ、そしてレイラに笑顔を取り戻すために。

世界は、ファントムフェノメノン現象によって、大地が砂漠化し、地形が変動する自然災害の脅威に晒されていた。そうしたなか、「Ge-Pang（ジパング）」では、科学と魔法の力を利用し、この不思議な現象に対抗する兵器の開発に成功する。こうして、人類は、自然の猛威から生き延びる術を手に入れることとなった。 元老院は、特使をジパングに派遣するのだったが、突然の火山噴火によって、特使の消息が途絶えてしまうのだった。その消息不明の特使の中には、皇子も名を連ねていた。皇室に仕える侍女である“レイラ・レイフォード”は、白虎の顔を持つ獣化戦士“シグマ・ツー”とともに、皇子の捜索と、火山の噴火で逃げ遅れた人々の救出のためジパングを目指し、飛び立った。レイラは、メイド姿の似合う可愛らしい少女でありながら、飛翔呪文で空中を自由に飛ぶことが出来る数少ない魔法使いという別の顔を持っていた。 はたして、レイラは、皇子を救出することが出来るのか……!?