《海底兩萬里》採用動畫般的章節模式來進行敘事，同時結合SLG與AVG兩種要素。玩家將從精於機械的???（約翰）的觀點，和擁有神秘力量的女主角????（娜汀亞）一起經歷古文明尋訪之旅，同時品嚐一段酸甜交織的愛戀滋味。當然除了男女主角外，動畫中的鸚鵡螺號船長、副船長艾特拉、葛蘭蒂絲三人組等重要角色也都會全員到齊，另外還新增金髮千金蘇菲雅、黑髮眼鏡娘拉斯等多位角色，而這些美少女似乎會因為遊戲中選項的不同，和玩家發展出比女主角更加親密的關係！
在遊戲內容上，SLG部分以鸚鵡螺號的潛艦戰鬥來呈現，玩家必須扮演尼莫船長在有限時間內依照雷達畫面與情報做出正確迴避動作，和選用適當兵器反擊敵人獲取勝利，有時則是以到達指定地點擺脫敵人追擊為目的，戰鬥中的各種動作會以動畫呈現。AVG模式則以發展人際關係和獲取遊戲線索為主要目的，就像櫻花大戰一樣，隨著玩家的行動方針與對話選項的差異，將會對劇情和結局與人物好感度產生影響，也決定是否能完美收藏遊戲中的大量事件CG。