游戏「新世纪福音战士 机密档案」以动画的 17～24 话与剧场版「Air/真心为你」为基础。主角不是玩家熟悉的原作角色，而是隶属于 NERV 谍报部的探员剑崎恭也。故事从主角秘密运送 EVA 四号机到了 NERV 本部开始，面对恐怖份子的攻击、NERV 内部暗藏的阴谋等，透过调查各个事件，逐渐解开原作中留下的种种谜团。玩家扮演的主角剑崎，在与美里、加持、律子、真嗣、零、明日香等人的交流之下，也逐渐产生了疑问……