『マギア・ミスティカ』の舞台となるのは、現代・日本。
けれど、ほんの少しだけ現実の世界とは異なり、この世界には人知れず、
《精霊》と呼ばれる異界のものが存在した。
そして、《精霊》を召喚し、自在にその力を操る者たちも。
主人公・真名瀬　唯（マナセ・ユイ）は、
召喚した《精霊》の力により魔術を行う“精霊魔術士”として、
対《精霊》魔術機関《オグドアス》と呼ばれる魔術組織の中で育った。
かつて、唯は若年ながら強大な魔力を持つ魔術士として将来を嘱望されていた。
しかし、４年前──唯は、魔術の師であるグレン・ザイツェフの裏切りに遭い、
《種子》と呼ばれる謎めいた呪物を胎内に宿される。
そのため唯は幼くして成長を止められ、
常に魔力を求めて飢える身体に変えられるという、秘密を抱えることになる。
ある日、日本の地方都市に設立された
全寮制男子校・星辰學院（せいしんがくいん）に出現した《精霊》を狩るため、
唯はチームを組んで仲間と共に戦う任務を受けた。
そして、《種子》の存在によって魔力供給を必要とする唯の身体に、
魔力を与えてくれる《契約者》を選ぶことも、同時に命ぜられる。
正体を隠して星辰學院に転入した唯を迎えたのは、
かつて経験したことのない、同世代の少年たちとの共同生活と、様々な新しい出会い。
初めての経験に戸惑い、ぶつかり合いながらも、唯は次第に仲間たちと心を通わせ始める。
学院に現れる《精霊》を追ううち、唯は事件の裏で暗躍するひとつの影があることに気づく。
やがて、《精霊》と戦う彼らの前に姿を現した人物──グレン・ザイツェフ。
４年前から行方を追い続けてきた、因縁の相手の登場に、唯はさらなる戦いへの意欲を燃やす。
果たして、唯はグレンの企みを阻み、確執を乗り越えることが出来るか。
自らを満たしてくれる《契約者》を選び、魔術士として大きく成長することが出来るか。
唯を巡る物語は、今、大きく動き始める――