主人公たちの仲良しグループは、夏休みの自由研究として
自分たちの小学校に伝わる怪談を調べることに。
夜の学校に集まる主人公たちだが、
友達の一人が約束の時間になっても来ない。
どうやら一人で学校に入って、そのまま消えてしまったらしい…。
居なくなった友達を捜して、主人公は夜の学校の探検を始める…。