聖チェリーヌ学院に通う遥と葵、クルミはごく普通の女の子。しかし、夜になると彼女たちは「快盗天使ツインエンジェル」に変身し、正義のヒロインとして活躍するのであった。 彼女たちの活躍によって衛星レーザー兵器「ギュスターヴ」の始動は食い止められ、闇の組織ブラックファンドの首領「ブラックトレーダー」の野望は潰えさる。 そして、戦いの中で和解した敵の戦闘エージェント、テスラ・ナインの姉妹とともに遥たちはふたたび元の平穏な学院生活へと戻っていった。 しかし、そんな中取り戻したはずの秘宝「天使の涙」の盗難事件が起きる。犯人を追って活動を開始した遥たちだが、そこには恐るべき陰謀が隠されていた……。