你的英明决断将会改变日本妖怪与西洋妖怪的未来！！
这里是供妖怪们居住和上学的校园。
和睦相处的日本妖怪在这里将学到生活的秩序。
而毕业生们也将遵守那秩序，和人类和睦地共同生活。
主人公結城龍治，刚刚当上北岁妖怪学园的执行部，通称『妖学』的会长，他本身是半人半妖（人类和妖怪的混血儿）。
虽说似乎拥有着很强大的血统，但目前遇到了一点难题，那就是能力还没有觉醒。
就任会长前后所引发的骚动也慢慢平息，在前会长的妖狐九重柊子和青梅竹马的猫娘猫宮彩葉的帮忙下，本应尽情享受学园生活的，然而……
某一天，从海外突然来了吸血鬼アリシア和魅魔リリス等西洋妖怪，在来到学校后立马宣言「从今天起这个学校将划区而治！」
为了让文化不同以及对秩序不满的状况得到改善，学生们开始了大奋战。
而在那骚动的终端，拥有强大血统，并且有着可与学园长相提并论的权力的妖学会长龍治，却有一个阴谋在慢慢接近他。
在日本、西洋的学生之间进退两难的龍治，还有学园的武力平衡，都将何去何从呢？