事故によって左腕を失ってしまった主人公。 その後奇妙な感覚におそわれるようになる。 アルはずのない腕がアルような感覚「幻肢」 アルはずのない腕が激しく痛む感覚「幻肢痛」 しかし主人公のそれは違っていた。 『フェイズD』と呼ばれる、この世ならざるモノ。 主人公がその存在を認識した時、今まで見えなかったモノが見えてくる。 ただ文字を読み、会話をしているだけでは何も変わらない。 左腕が疼く時…それは、この世ならざるモノがいる証拠… -『フェイズD』を使い正体を突き止めるのか -それともふれずにやり過ごすのか 自分で判断し、行動する事で物語の結末は変化する。 その時頼れるのは、今までの経験と直感だけ。 第一巻、蒼華の章では 『フェイズD』をミルことが出来る少女「藤代彩奈」を中心に物語が展開する ミルことをひた隠しにして生活してきた理由とは。 そして主人公が『フェイズD』の存在を認識した時に見せた彼女の本当の気持ちとは… 『フェイズD』の影響を強く受けてしまう少女の物語(Phase D 蒼華の章) ヒトでは無い誰かの影響を受けながら、人は日々を過ごしている。

茉莉との距離が気になるこの頃。行人は幸花から「あなたの幻肢は人の心を惑わすかもしれない」と告げられた。 その日から、行人の運命は動きだし、久世家の末裔としての幸花の運命も大きく動いた。