葉隠忍術学園は、世にはびこる悪と戦う “正義の忍者” を育成するための教育機関である。
ひかり、いずみ、アイラ、つむじの4人は、一人前の忍者を目指して忍術教師・ハヤテのもとで今日も修行に励んでいた。
そんなある日、彼女たちが大切に保管していた 『奥義書』 が盗まれてしまう。
奥義書を盗んだのは “暗黒ニンジャ四人衆” を名乗る、謎のニンジャ軍団だった。
奥義書は正義の忍者を目指すために重要なもの。
未だ半人前の4人による、奥義書を取り戻すための戦いが今、始まる！