前作の『金色のコルダ』から8年が経過した設定。担当声優の大半が引き続き起用されているが、登場人物は一新した。また、学院内で起こる出来事や恋愛がメインだった前作と異なり、今回は同校の生徒に留まらず、全国から集まる他校のライバル達の攻略も可能となっている。 主人公・小日向かなでは、小さい頃からヴァイオリンを習いながらも、思うように弾けず伸び悩む日々を送っていた。ある日、出場した発表会での演奏後、彼女に一通の手紙が渡される。差出人不明のそれに書かれた言葉により、触発された主人公は、幼馴染が通う音楽教育で名高い星奏学院への転校を決意。もう1人の幼馴染とともにオーケストラ部に入り、選抜を勝ち抜き、室内楽部門の全国優勝を目指すことになった。

――2人のヒロインの視点でそれぞれ描かれる、妖精の島での冒険ストーリー ある晩のこと――主人公とその仲間は 夢の中で突然、見知らぬ島に呼び出される 日野香穂子は音楽の妖精・ファータの住む不思議な島「ハルモニア」に 小日向かなではその沖合にある小さな無人島「猫島」に 自分たちはなんのために呼ばれたのか 元の世界には戻れるのか 謎を探るうちに主人公は次第に島の危機に関わるようになり、妖精たちを救うため 別の時代から来た演奏者とも協力することに 紡がれる新たな絆と、かけがえのない想い 彼らは妖精の島を救えるのか？ 音楽の奇跡は、果たして――