高校生活最後の春休みを迎えた主人公・草薙結衣は、
ふと入った実家の蔵の中で、「天叢雲剣」と記された剣を見つける。
それを手にした途端、まばゆい光に包まれ、
気づいた時には見知らぬ場所に立っていた。
それは、ギリシャ神話の神・ゼウスが造りし「神々の学園」。
人間の代表として召喚された主人公は、
そこに生徒として集められた、様々な神話の神々に
「人間とは、そして愛とは何か」を教えるよう命じられる。
とまどいながらも、与えられた期限の中で、個性豊かな神々と共に生活することに……。
……しかし、「もし」あの時、別の選択をしていたら？
4つの運命が加わり、紡ぎだされる新たなストーリー。
神々と過ごす学園生活が今再び、幕を開ける。