結城友奈たち讃州中学勇者部六人は、ある日部活中に不思議な光に包まれる。
気がつくと世界は樹海化し、バーテックスが襲来してきた。手元には何故か不要になったはずの変身アプリが戻っている。
戸惑いながらもバーテックスを撃退した友奈たちの前に「上里ひなた」と名乗る女性が現れた。ひなたによると、ここは神樹内部の「特別な世界」。神樹は土地神の集合体だが、そのうちの強力な一体が反乱を起こし内部を荒らしているらしい。先ほどのバーテックスは、その造反神が造った偽物のようだ。
土地神がバラバラになれば神樹はその力を大きく失ってしまう。この一大事に、神樹はあらゆる時代の勇者を己の中に集める。こうして時代を超えて集結した勇者たちによる、造反神を鎮める戦いがはじまった。