目を覚ますと主人公は見慣れない部屋のベッドに寝ていた。
ここはどこだろう……そう考えかけて気付く。
自分が、自分の家も、名前も、何もかも忘れてしまっていることに。
記憶を失った彼女は、しばらくの間高校を休んで、家業だという『よろず妖屋』の仕事をすることになる。
屋敷に住む妖や神様に助けられながら、懸命に仕事に取り組む主人公。
しかし、村で行われた灯篭流しの祭りの日を境に、彼女は自分の両親の死の謎、そして数百年前から隠され続けてきた、雨月村の真実を知っていくことになり——。