明治時代に創立、少人数全寮制のリベラル・アーツ教育の伝統が今も残る場所、時ノ台学園。
進藤智はそんな進学校に入学し、ごく普通の毎日をすごす少年だった。
しかし、智には秘密があった。
それは祖母から譲り受けた、時間をコントロールする力を持つ時計を持っていること。
智は時計を活用することで、楽しく効率的な学校生活を送っていた。
あるとき智は、学園に存在する七不思議と時計との間に関係性があることを突き止める。
七不思議に対応した七つの時計̶̶時計を手に入れれば、時間を操る様々な力が使える
ようになるかもしれない。
興味を持った智は、放課後になると、七不思議の生まれた場所であるとされる
旧校舎を探検するようになった。
探検をする中で、智と同じく時計を持つ者や、何代も前の卒業生から七不思議
を調べる伝統を受け継いだ新聞部など、ただ学園に通うだけの毎日ではすれち
がっていた少女たちと出会う。
友人たちとの探検の結果、智たちは七不思議の１つの正体を突き止める。
過去でも現在でも未来でもない、時間の止まった空間̶̶そこに和服姿の少女が眠り続けていた。
少女は時間を操る力を持っていたが、自分の力を七つに分割して時計に封じ込めたことで、
力を失っていた。
少女は智の時計の力（タイムリープ）によって、過去から現代で目覚めてしま
い、元の時代に戻れなくなってしまったらしいが……。
時計をすべてそろえ、本来の力を取り戻せば少女は元の時代に戻ることができ
るとわかり、智たちは七不思議の謎に挑んでゆく。