２００５年、地球の衛生軌道上に突然、人工天体が飛来した。
いったい何の目的で、誰が作り、どこからやってきたのかなど、一切は不明。
その天体は、立方体をしていることから『キューブ』と呼ばれることになった。
そしてキューブの飛来と時を同じくして、地上では俗に「能力」と呼ばれるものを持つ人間が出現するようになる。
物体への干渉や人の心への感応など「能力」の内容は人によって様々だったが、その発現にキューブが関係していることは明らかだった。
ただちに調査隊が組織されキューブへと赴いたが、そこに待っていたのは宇宙開発史上最悪の衛生軌道上での事故という拒絶だった。
そして、２０１５年。
南海の孤島『南津輝島』（みなみつきしま）に設けられた、キューブと「能力」を研究するための学園都市。
主人公の木ノ下耕平も、ほかの能力者と同じように「協力」という名目で、南津輝島の学園に入学した。
彼の力は「可能性拡大」。
それは例えるなら、道を進んでいて二股にさしかかったとき、新たな第三の道（選択肢）を作ってしまうというような、途方もないものだった。
ただし、どんな道ができるかは、能力を発動した本人もわからないという、いささか厄介なしろものではあったが……。
学園での様々な出会いが、やがて自分たちの能力どころか、キューブそのものの謎に迫る切っ掛けになることを、耕平はまだ知らない。
すべてを謎に包んだまま、キューブは今も空に浮かんでいる……。