俺の名は、大月京介。
ミステリー好きの俺は、この学園に入学してから、『ミステリー研究部（通称、ミス研）』を学園側に内緒で勝手に設立し、日夜、自由気ままに学園の摩訶不思議な出来事を探索してまわっていた。
しかし、そんなある日、俺の愛するミス研が設立以来の大ピンチを迎えてしまった。倶楽部運営委員会の『今川蛍子』……ついに、彼女に目を付けられてしまったのだ。彼女に睨まれて廃部になった倶楽部は数知れず、血も涙もない悪魔のような女だ。いや、悪魔はちょっと言い過ぎかも知れないが、俺にとってこれは確かに面白い話じゃない。
新入部員を獲得する以外、ミス研を存続させる方法がなくなってしまった俺は、幼なじみの『上郷静音』と、新入部員の勧誘を始めた。
やっと見つけた新入部員は、学園一のお嬢様、『敷島清華』と、俺の後輩の『犬崎五月』。
やっと軌道に乗り始めたミス研だったが、俺たちはさらなる大事件に巻き込まれてしまった……