某一天，星修学园的学生门仓甲，在虚构的战场中醒来了。 想起了自己是一个使用着优秀的战斗用电子体（シュミクラム）的佣兵的甲，也想起了自己跟自己的部下，也是唯一的伙伴：桐島レイン一起，追捕着某个人物。 这个人是甲曾经的恩师，久利原直樹。 他曾经所属的研究机关曾经引起了一件噩梦一般的事件「灰色的圣诞节」 追寻着那把自己的和平的学院生活和朋友都全部夺去的事件的真相的甲面前，出现了一个谜。 面对着AI派宗教组织ドミニオン，和学院时代开始的因缘的对手ジルベルト的暗中活跃。 GOAT的黄牌，命令者（コマンダー）的本体到底是？巨大方舟计划到底是？ 这些就像是要帮助甲一样而出现的迷之现象，到底有什么特别和异常的地方呢？ 然后，逐渐取回记忆的甲，跟那些一直想念着的学院时代的同伴再会了。 青梅竹马的菜ノ葉、从堂姐的亜季、亲友的千夏、雅……也许跟过去一样，也许发生过各种各样的变化的朋友们。 还没知道去向的真。 还有，本应在灰色的圣诞节中永远地消失了的空，和那跟她长得一模一样的NPCクゥ。 在甲面前，数次出现的名为エージェント的NPC，究竟是空，还是…… 当这些谜团都合而为一之时，真实之门就会打开。

歴史あるＢＡＬＤＲシリーズの新作として、その世界観を受け継ぎ紡がれる物語。 そして、これをもってシリーズに幕を下ろします。 「現実に帰らなくちゃ」 巨大な装置の置かれた広大な部屋の中央に“彼女”は座していた。艶やかな髪は床に広がり、ときおり電気信号が走っては光を放つ。 「最終チェック完了。これより起動準備に入ります」 どこからか機械音声が響き、彼女は安堵のため息を漏らした。と、次の瞬間、けたたましく警報音が鳴り響く。 「お願い！ 成功してっ！」 彼女の叫び声とともに“彼”は目を開いた。それが彼の意識のあらわれだった。 鋼の身体にオイルの血液。電磁パルスが意志を伝え手足を動かす。 「ねえ、私のことがわかる？」 問いかける声に、“彼”はアクチュエーター音を鳴らし、首をひねる。「そう……えっと、どこから教えれば――」 「は、始まっちゃった！えっと、あなたに頼みたいことがあるの！」 彼と彼女を取り巻くように出現したウイルスが迫る。すると彼は“声”を発した。 「僕は君を助けようと思う。それでいいかな」 数分の後、敵機の残骸を見下ろしながら彼は“思った”。 （彼女を守れて、良かった） 彼の目の前で、自分が助けた少女が語りかける。 「あなたはその体、戦闘用電子体プログラムを運用するために生み出された疑似知性体。 名前は、そうね……ヒュージ、不二って呼ぶわね」 「おはよう、不二。私はこの世界の元管理者、エリスよ」 そうして彼女は祝福するように、満面の笑みを浮かべた。 「ようこそ、仮想世界、”VERTEX”へ」