１年前に，前作で，パル王国のＩＱ１８０の天才美少女ピリル（１６歳）とともに，ギルバ族の陰謀（ヌーク事件）を打ち砕いた主人公（１７歳）は，ピリルと平和な同棲生活を送っていた。ピリルは，東京理科大学（ラストのニュースでは日本理化大学）生物学部に特待生として入学したが，入学式の当日に生物学研究室の車谷教授から呼び出され，国連の保健委員会から厚生省が調査依頼を受けた，リトラキアの奇病調査に同行することを求められる。
危険な国にピリルを調査に行かせたくない主人公とピリルは口論になってしまい，ピリルが家出をしてしまった！・・・というところからゲームスタート。一方，ヌーク事件により，国家反逆罪で服役中の元ギルバート社社長のギルは，パル王国の刑務所から脱獄し，また，ギルバート社の壊滅により解散していたギルバート社親衛隊レミー，クララ，ドーナ，メスは再集結を果たし，活動を再開した。