昼と夜に分かれたふたつの世界を持つ不思议な学园を舞台に、対照的なキャラクター三人组が魔术の络んだ难题に立ち向かうストーリー 山奥にそびえ立つ大きな时计塔のある全寮制学园に新入生としてやってきた主人公。 しかし、初登校の日にいきなりトラブルに巻き込まれ、学园の入り口にある高価そうな像を壊してしまう。 学园长から、弁偿の代わりにしばらく働けと指示された主人公は、トラブルの原因となった一人の男子学生と共に “特殊事案调査分室” に配属されることに。 大きな地下図书馆の奥にある分室の部屋に行ってみると、そこには无関心な様子で一人の少女が待っていた。 わけもわからないまま、ふたりは少女から告げられる。 この学园では、本物の魔术が生きているのだ―――と。 时计塔の钟の音と共に、学园には “夜の世界” が现れ、校舎と一体化するのであると。 分室の仕事は、学园で起こるあらゆる魔术的な问题を解决すること。 こうして主人公たちは、様々な “遗品（ミスト）” に翻弄されながらも学园のために奔走することになるのだが――。

ずっと探してる。 境界線の向こうの、きみを―― 夜ごと学園に現われていた “夜の世界” は崩壊し、“夜の生徒” たちは消え去った。 20年前に起こった学園での火事がすべての原因ではないかと考える主人公たちは、“夜の生徒” として消えた仲間と再会するためにも、事件の詳細を調べ始める。 一方、姿を消していた学園長は、夜の世界を復活させるために密かに動き出した。 学園にまつわるすべての謎が、いよいよ明らかに――