学園の抱える秘密、黄昏時に交差する二つの世界。
……あなたたちは疑問に思わないのですか？　彼らがどこから来て、どこへ帰ってゆくのか
夜と昼の境界線はいつか――交わることができるのか。

山奥にある全寮制学園 『天秤瑠璃学園』。
大きな時計塔の立つその場所は、ただの学園ではなかった――。
主人公・満琉は転校生としてこの学園にやってきた後、『特殊事案調査分室』 通称 “トクサ” と呼ばれる役目を背負うことに。
トクサの仲間である憂緒たちと共に、この不思議な学園で起こる様々なトラブルを解決する日々を送っていた。

そんなある日、学園に予想外な訪問者が現れる。
祖母の思い出の品を探し、はるばる異国からやって来た少女・アーデルハイト。
一筋縄ではいきそうにない客人は、トクサの面々に押し付けられる。
「そうね。お手並みを拝見しようかしら」
アーデルハイトの探し物を巡る日々のなか、それまで当たり前のように流れていた全ての時間が動き出す。
それは――学園の抱える秘密、黄昏時に交差する二つの世界。

いったい彼らはどこから来ているのか？　どこへ帰っていくのか？
そして夜と昼の境界線はいつか――交わることができるのか。
新たなる謎と秘密に、主人公たちの奔走が再び始まる！