主人公、御影迅の家は
江戸時代から国防を担う忍者の末裔であり、
そこで生まれ育った迅は、
秘密諜報部員である母親の後を継ぐべく、
修行中の忍者の卵である。

そんな彼に世間を騒がせる
通称「蝙蝠事件」の解決のため、
冬華学園への潜入捜査が命じられる。
相棒のAIであるモモカとともに
学園への潜入を果たした迅は、
クラスメイトのカノン・メイフィールド、
騎士である白鐘神楽や団長である蓮城寺舞、
後輩である雨ノ森ゆいたちと仲を深めつつ、
怪しまれることなく任務をこなしていた。