四方を海に囲まれた島、御風島。
島の中心には、人間の立ち入りを許さない深く広い森が広がっている。
幼い頃、主人公・八代修司は御風島に住んでいた。
今は都会で暮らしているが、いつかまた島に戻りたいと思っていた。ある日、突然従姉の御風里佳に勧められ、鈴森学園に転校することになる。
願ってもないことだった修司は、島に戻ることを決意する。
久しぶりに再会した懐かしい場所で、彼は偶然にもあの光景を再び目にする。
想像とは少し違っていたが、それは確かに修司が望んでいた光景だった。
鈴森学園という有名な進学校の学校生活は厳しいものの、その中からはいつも楽しい笑い声が聞こえてくる。
八代修司の新しい一日が、こうして始まった——
そして、時が経つにつれ、彼はあることを思い出す。

御風島——世界が終わるとき、ここで神を見ることになる。