主人公・新堂忍（しんどう しのぶ）は、普通に学園生活を送る普通の学生。だが、彼は3年より前の記憶を喪失している。
その原因というのが、3年前に起きた事件だと聞いている。自分が住んでいたという神社が全焼、両親が亡くなり、自分も大怪我をしたという。だが、ここまで大きな騒ぎになったにもかかわらず、未だに原因が不明だという。忍にはその記憶がなく、それどころか自分が本当に"新堂忍"という名前の人物なのかという事すら確信できないという有様である。
記憶を失い、家族を失い、ただ喪失感だけが残る……。そんな不安定な忍を支えてくれたのが自分が小さい頃から交流があったという森崎家の人々や友人たち。
現在は、森崎家の人々との交流を通じて、何とか普通の生活が出来るようになった。幼なじみだという"森崎ちさと"や森崎家の大黒柱であるちさとの母"ちづる"の支え、"将吾"や"真理"という友人達との平凡な日常、幸せな時間。
しかし、忍は、この幸せな場所にいる自分に違和感を感じている。
「自分にはやらなければならないことがあるはず……。」
焦燥感を鎮めるために、元自宅で現在は小さな社しかない神社に向かう。忍が考え事をするときのお決まりの場所。
敷地内を考え事をしながら掃き掃除をしていると、不思議と心が鎮まる。そこに現れた訪問者の女の子が、ここは危険だと警告して去っていく。「一体何だろう？」と考えている時に何者かが忍に襲いかかった。それは人ではなく、動物の類でもなかった。
――「異形」であった。
忍はちさとの剣の練習相手として剣術を少々できるものの、竹箒で戦えるわけもなく、一気に窮地に追い込まれる。
「もうダメなのか……。」
そう絶望しかけたとき、神社の敷地に残っていた神木から光が溢れた。
「やれやれ五月蠅くて眠りにつけないではないか。」
光の中から現れた、尊大な口調の女の子は自分がここに祭られている神だと名乗った。