一躍時の人となった主人公「はつしば りゅうすけ」の元へ、尊敬してやまない考古学者・神宮寺博士が訪ねてきた。博士はりゅうすけの実力を見込み、長年の研究対象であった「水晶のドクロ」の調査を自分の娘と一緒に引き継いで欲しいと頼んできたのである。持ち前の好奇心からドクロの素性を聞かせてもらおうと、博士の自宅を訪ねるが、待ち受けていたのは博士の死体だった……。困惑するりゅうすけの元に博士のひとり娘「ひみこ」が現れる。考古学者の血が騒ぎ出したりゅうすけは、彼女と共にドクロの解明を目指すが…。