神を冒涜する第十二理論 ——それは我々が偶然に得た産物 岡部倫太郎——通称「岡倫」——は、中二病から卒業できていない大学生である。 自称「狂気のマッドサイエンティスト・鳳凰院凶真」として、仲間二人と共に「未来ガジェット研究所」というサークルを設立し、毎日友人たちと風変わりな発明を続けている。 ある日、彼は偶然、電子メールを過去に送信できる装置を発明する。 つまり——“タイムマシン”が生まれたのだ。 SERN、ジョン・タイター、幻の骨董PC「IBN5100」、タイムマシン、 バタフライ効果、時間旅行の11の理論——これらの要素が偶然重なり合うとき、秋葉原に世界規模の大事件が巻き起こる！ “未来選択権”を委ねられた岡倫たちの下す決断とは？

情報インフラが益々発達し、世界の距離が縮まった2020年。 拡張現実をより身近なものとした「ポケコン」と呼ばれるタッチパッドデバイスが普及し、産業用のみならず、民生用ロボットも一般化した時代となっていた。 そういった中、2月に発生したロボットの反乱事件は決戦場となった種子島の高校生たちの活躍により収束したものの、ネットワークを通じた世界的な危機は、情報社会の脆弱性を示すには充分であった。 あれから半年。夏祭りの準備でにぎわう種子島。 高校を卒業し、宇宙飛行士を目指し浪人中の主人公・八汐海翔は久しぶりに帰省した故郷の港にて知り合いのJAXA職員、天王寺綯を通じ橋田至という男に出会う。 偶然海翔と同じ船に乗り合わせていたと語る彼は、観光目的で島を訪れたというが、どうにも言動がおかしい。 久しぶりに再会した元ロボ部で幼馴染の瀬乃宮あき穂と大徳淳和。 ロボ部の後輩、神代フラウや日高昴。 2月の事件がきっかけで知り合った少女、行舟愛理。 そして、天王寺綯、橋田至と共に夏を満喫して過ごす日常の中で、微かに違和感を感じる出来事が頻発し始める。 それは、再び世界を混乱に陥れようとする事件の前触れであった……