今から250年ほど昔のことである。あの忌まわしい“妖精王の災い”のため、25億にまで減った人類は生き残りを賭けて大戦争を起こしさらに人口は減った。この時とばかりに覇を唱える旧大国や秘密結社。その中で、精神エネルギーを兵器化することに成功した一団「Ｄ∴Ａ∴Ｗ∴Ｎ∴」が一躍歴史の表舞台に立つ、はずだった。彼らは内部抗争の末“エンプレス”を残し崩壊し、世界はいまだ混沌としている。だが失われた古代文明の力こそが覇権を握る術であることを、権力を欲する者達は知っていた。
放浪の旅を続ける凄腕の拳銃使いクライド・ゴーン・ラストメサイヤ。ある日クライドは幌馬車で移動中、峠道で豪雨に見舞われる。さすがのクライドも自然災害の前になすすべもなく幌馬車ともども奈落の底に突き落とされたのだった。目を覚ますとそこは修道院だった。右腕と左足に大怪我をし、とても満足に動けそうにない。寡黙だが包容力のある神父や５人のシスターたちとの生活が始まる。そして、クライドはやがてエンプレスをめぐる争いに巻き込まれることになる。