小笠原から帰還して１年近くがたった。

夏のはじまり。
学園３年生になった 愛内周太は、まんぜんと季節の移り変わりを眺めていた。
のんきなクラスメート達。平和な毎日。
帰らない恋人、 「有村ロミ」。

すべてを、ただぼんやりと眺め、待ち続けていた。

そんな彼のもとに、彗星機構のリーダーである「ミコ」からの手紙が届く。

再び彼とその仲間達は、世界は、彗星にまつわる野望の中に取り込まれていく。
最後の夏が始まろうとしていた。