原因不明の海面上昇によって、 地表の多くが海に沈んだ近未来。

幼い頃の事故によって片足を失った少年・斑鳩夏生（いかるがなつき）は、
都市での暮らしに見切りを付け、 海辺の田舎町へと移り住んだ。

身よりのない彼に遺されたのは、
海洋地質学者だった祖母の船と潜水艇、 そして借金。

夏生は“失った未来”を取り戻すため、 謎の借金取り・キャサリンと共に、
祖母の遺産が眠るという海底の倉庫を目指して潜る。

そこで見つけたのは、
棺のような装置の中で眠る不思議な少女――アトリ。

彼女は、 人間と見紛うほどに精巧で感情豊かなロボットだった。
海底からサルベージされたアトリは言う。

「マスターが残した最後の命令を果たしたいんです。
それまで、 わたしが夏生さんの足になります！」

海に沈みゆく穏やかな町で、
少年とロボットの少女の、 忘れられない夏が始まる――。