主人公三上智也是澄空高校的二年级学生。他的父亲在外地工作，母亲也在外地陪伴父亲。虽然他和青梅竹马的今坂唯笑认识已经超过了10年，不过并没有朋友以上的关系。 智也有有着令人心酸的过去。他的另外一个青梅竹马，也是对他来说无法替代的女友桧月彩花因为事故死了。智也没有从她死后到自己恢复正常那段时间的记忆。即使已经过去了3年，只要一想到深爱着彩花的死，智也的意识也会变得模糊。 在智也身边出现了明朗而善于交际的转校生音羽かおる；在她之前一个月转入的，和他人保持距离的双海诗音；在电车上认识的彩花的表妹，伊吹みなも；代替腰痛休息的母亲打理小卖部的雾岛小夜美；还有两个青梅竹马……以期中考试为契机，这些女生中的一个在智也心中的地位逐渐变得重要起来。

Ayaka, Tomoya's girlfriend who went to heaven, suddenly appeared before Shin. He told him she had lost her "Angel Wings" and had to get them back to go back to heaven but... she doesn't have any clue of how do they look like! The only way to find out is to meet people with "wishes" in their hearts, who happen to be the heroines of the three first games in the Memories Off franchise. Through minigames, they'll be able to solve this conflict, and let Ayaka go back to heaven.

秋之回忆 After Rain是一套纪念KID恋爱冒险游戏系列秋之回忆推出5周年的游戏系列。 游戏分为三部分，讲述秋之回忆和秋之回忆2两个作品之间发生的故事。每部分的游戏均被制成独立游戏，于2005年第一季在日本市场推出。另外，游戏中有对两个作品的专有名词作出解说，并内含百科全书模式，供玩家随时查阅。