遙かな宇宙の果てより地球に襲い来る、星々からの侵略者――宇宙人（レティキュリアン）。地球側はそれを察知し、あらゆる宇宙人たちの弱点がユーモアであるとつきとめた万城目博士を科学顧問にあて、防衛組織『地球防衛軍』を設立。博士の打ち立てたユーモア理論を元に巨大ロボット『メガラフター』の製造を行う。
そして、地球唯一の『Ｙの紋章』を持つ青年・朝日奈真一が『メガラフター』のパイロットとして防衛軍にスカウトされることに。戦うためには日々の積み重ねが大事、日ごろから他人に笑顔を与えるネタ――マテリアルを集め、『メガラフター』の戦力となるCARDを作成していかなくてはいけない。
そして、進化と繁栄の代償に心を捨てた宇宙人たちに、『笑顔』を与えて打ち勝つのだ！