前作の事件から4年後、地球の地中海からストーリーは始まる。
前作の事件は、政府による巧妙なマスコミ操作により、事故と報じられ、エイリアン（ハレー彗星からのモンスター）侵入の事実は伏せられていた。前作ではコメット号からエイリアン（ハレー彗星のモンスター）を閉じ込めたコンテナが切り離され宇宙空間に放出された。そのコンテナが地球に落下する。地中海を航行中であった客船カリスト号はそのコンテナの落下に遭遇し、コンテナを引き上げた。同船に主人公・五色和也は親友の佐伯真治と共に、モナコで開催予定のビーグル3WDのレースに出場する為に乗船していた。コンテナ落下の衝撃で気絶し、目覚めた彼がデッキに行くと、死亡した船員を発見した。主人公達はやがてエイリアンを巡る巨大な陰謀に巻き込まれてゆく。