主人公・御堂真樹是一名梦想成为拯救世界的英雄，理想主义但有些好色的学生。近来学园内陆续发生几起针对女生的袭击事件，怀着些「解决事件的话，会受女孩子欢迎」的用心，真樹燃起了「轮到我出马啦！」的使命感。

抓起自己的宝贝日本刀，真樹开始展开调查，却遇见了与巨大的龙战斗的美少女——クルル。クルル使用魔法，漂亮地将龙击退。对其身姿感到命运般相会的真樹，向クルル作出了生涯第1000次告白，结果由于意外地两人接上吻，不知为何竟将她的魔力夺走了。无法使用魔法的クルル，在得到魔力的真樹协助之下，总算成功将龙打倒。

面对失去与魔物战斗能力的クルル，真樹提出在学园内设立对魔物组织「小魔女委员会」。集合小魔女们与未知的魔物战斗，华丽又刺激的冒险大战就此拉开序幕。