魔法が次第に衰退し、新しく興った科学技術に取って変わられようとしている時代。
都市を繋ぐ鉄道には蒸気機関車が走り、ガス灯の明かりが、人々の暮らしから夜の闇を 払拭しようとしていたが、それでも帝国の辺境にはまだ《魔族》と呼ばれる異種族が生息し、 国境警備軍と小競り合いを繰り返しています。
主人公は、帝立魔法学院で３人の落ちこぼれの生徒を受け持つ戦傷魔導師です。
彼にはそれぞれ因縁のある見習魔女の娘達は、それぞれの事情で心を閉ざしてしまったり、 正常な成長が出来ずにいますが、彼は１年の内にその娘達を無事卒業出来るよう立派な魔女 に教育せねばなりません。
その過程を通して、魔女見習の少女達との心の触れ合いによって、主人公自身の心に 傷も癒して行く物語が、｢ソーサレス・エンパイア｣なのです。