60年代、南極で海遊性ほ乳類の一種と思われる凍結死体が発見された。調査の結果、死体は雄のジュゴンであることが判明した事で騒ぎはおさまるかに見えていた。しかしDNA分析をしたことで事態は急変。この生物が実際に凍結された時期は1000年以上も前、500年程前に既に絶滅している筈の「祖ジュゴン」であることが判明した。これこそが、人魚伝説の真のモデル…。海遊性ほ乳類研究の新分析を切り拓く新たなテーマ…。それから数十年後、この研究を続けた慈愛堂生物研究所では、ある発表が着々と準備されていた。その研究所へ、テレビ局の新米社会部記者、国友真理亜が上司の使いでフロッピーディスクを受け取りに行くところから物語は始まる。
駆け出しジャーナリストの国友真里亜はある日、取材のために生物学者の亜門博士のもとを訪ねる。博士の魅力ある人柄や興味深い話に次第に惹かれる真里亜。しかしその夜、博士が研究所で死体で発見されたというニュースが流れ、しかも真里亜が研究所で出会った青年、博士の助手の景山純に殺害の容疑がかかっているという。ひょんなことから景山を匿う羽目になった真里亜は、事件の真相を追い始めるが、やがて思いもよらぬ巨大な陰謀へと巻き込まれてゆく。