194X年、遂に、日本は連合国に無条件降伏した。そして、日本は一部地域を残して、連合軍に分割占領された。連合軍占領下の地域では、FEHQ(Far East Head Quarters)により、抵抗分子の粛清、思想犯の強制労働など、血の弾圧が行われていた。
また、FEHQはAMP(Advanced Machinery Project)という軍事プロジェクトを極秘に進めていた。AMPは度重なる性的実験を行い、その過程で、被験体「瑠璃子」が高いサイキック能力を発揮するようになった。
そんな状況下、炭坑で強制労働させられていた主人公は、レジスタンスに救出され、レジスタンス活動に身を投じることになった。そして、FEHQと戦う主人公は、被験体「瑠璃子」と深く関わっていくことになる・・・