9歳まで過ごした故郷、宮合村。
その村を通る唯一の路線が廃線になるということを知り、10年振りに一人で故郷を訪れる主人公。列車が通らなくなってしまえばもう二度とここに来ることもないだろう。だからその前にもう一度、自分の生まれ育ったふるさとを一目見ておきたい。来る前までは、ただそれだけの動機だった。
いざ、村にやってくるとそこは過疎の進んだ山間部。しかも色々な手違いから泊まる場所を確保し損ねてしまい、途方に暮れるしかなかった。しかし、偶然にもそこで幼馴染の夏希と出会う。久しぶりと懐かしむのもつかの間、事情を説明するしかない主人公がそこにいた。結局、夏希の伝手で、彼女が巫女として住み込みで働いている草壁神社に居候させてもらう事になる。当初の目的である廃線のその日まで…。
村に居着いた主人公は、都会とは違うゆっくりとした時間の流れの中で、思い出すこともなくなっていた過去の出来事を紐解いていく。懐かしい故郷の風景、よみがえる想い出、そしてこの土地に様々な想いを寄せる巫女たちと過ごす時間……すべてがいつもの流れとは違っていた。そして廃線の前日、祭りの日。奉納される彼女たちの巫女舞にこめられた想いを、そして主人公は、廃線の理由とともに知る。
受け継ぐべきものは、遺すべきものは……魂に刻まれた、あの約束の場所……。