主人公（柊　道孝）はかつて優秀な退魔師であったが、
仕事中のトラブルによってパートナーで彼の恋人であった「如月美咲」の命と自らの力を失います。
その大きな代償と引き替えに彼の元に残ったのは、素性不明の小さな子供だけでした。
彼はその子を「太一」と名付け、自分の手で育てることとなります。
それから数年後、退魔師としての目標を失い、学校の一教師となっていた彼の元に現れたのは、美咲の妹「凪沙」でした。
廃校寸前となっていたマドレーヌ学院を買い取り、
退魔師の養成所として再興させた彼女は、
彼を退魔師養成のための主任講師として迎え入れに来たのです。
本作品は彼の元に６人の新入生が預けられたところから始まります。
彼女達のうち一人を除いて、すでに各自が持っている退魔師としての能力を伸ばすためにマドレーヌ学院に来ており、
主人公はこの中の２人の授業を受け持つことになります。
キリストの時代より連綿と続く２つの教団の対立を軸とする深く練り込まれた世界観の上で繰り広げられる魔物との戦い。
そしてその向こうにかいま見える謎の組織の目的とは？
彼女たちと共に、この深く壮大な物語の荒波を乗り越えてください。