そう遠くない未来。
現在より少しだけサイバーテクノロジーが発達している未来。
スラムに住む如月士郎は、特別な力を持った人間。
その力を知るのは政府の一部の者のみ。
特別な力とは、デジタルなオブジェクトを現実に立体化する力
トポロジカルゴースト。
通称TGである。
TGは、政府の極秘裏に進められた研究の一つで
士郎と姉の亜希、そして弟の仁の3人はその研究の
実験体として実験に協力していた。
だが、研究中の事故よりプロジェクトは中断、
姉は事故に巻き込まれ死亡し、仁も事故の後、行方をくらます。
研究施設から開放された士郎は、
スラムで自堕落な生活するようになる。
そんなある日の事、突然姉に似た少女に出会った士郎は、
新たな事件に巻き込まれていく……。