主人公の冬馬 荘一郎は転校を機にオタクを卒業しようとしていた矢先に妹・ 琴未の妨害を受け、オタクたちが集う『私立アキハバラ学園（通称「アキガク」）』に転入させられてしまう。彼は仲良くなったクラスメイトに誘われ、「2次元美少女研究部」という部活動に行く。