ストーリーは地球とは異なる惑星上の、マビノキ魔法学院で展開される。
この惑星では、かつて巨大産業文明が発展し栄華を誇っていたが、約300年前に「妖精事件の夜」と呼ばれる大災害が発生し、この文明は崩壊してしまった。 この災害から人々を救ったのが「トリスメギストスの魔術師」と呼ばれる人たちであり、彼らがこの惑星に魔法文明をもたらした。
マビノキ魔法学院は、「トリスメギストスの魔術師」が創始した魔法学校であり、次元の狭間に存在する。マビノキ魔法学院では、人間は歳をとらず、多くの生徒たちが魔法の修行をしている。本ゲームに登場するヒロインたちも、この学院で魔法の修行をしており、学院の「ギバウス寮」のメンバーである。
本ストーリーでは、主人公と各ヒロインの間で親交を深めながら、この世界の秘密や、主人公の御神楽圭がなぜこの世界に召喚されたかといった謎を追究する展開となる。