この地上ではないもう一つの清浄な世界「エヴァグリーン」。そこから奪われた邪悪な種「ダークマテリア」を回収するために、主人公・ナツキは人間界に降りてきた。
雨の夜、傷ついたナツキを助けたちはやには、偶然にも魔法戦士となる資質因子「リセアの記憶」があった。対となる存在・ナツキとのキスによって「魔法戦士カーマイン」となったちはやは、ナツキと共にダークマテリアの探索を始める。ダークマテリアは人間にとりつくと、その人間の負の欲望を魔力として吸い取り結晶化し、非常に危険な存在となる。それを阻止するため、ナツキとカーマインはとりつかれた種人間「ジェムルス」を浄化してゆくのだ。
戦いの中で徐々に倒すべき本当の敵が明らかになってゆく。それと共に二人が背負った本当の使命と二人が出会った本当の意味をナツキとちはやは知る。彼らの使命とは？そして二人は世界を浄化できるのか？……全ての鍵を握る言葉「カナン」とは？