前作『遙かなる時空の中で』から100年後の世界が舞台。ゲームシステムは1作目を踏襲。
前作は「摂関政治期」を模して作られたが、本作は「院政期」を模して作られており、八葉もそれぞれ「院」および「帝」の勢力に分かれて政治的にも激しく対立している（一部のキャラは院または帝寄りの中立）。
八葉が最初から揃っていた前作と違い、本作では既に力を認められた龍神の神子が存在するため、主人公自ら八葉を探し、自分が龍神の神子だと証明しなければならない。政権争いで対立中の二派に八葉が分裂している影響で、八葉同士の絆も薄く、神子としての力の獲得も難しくなっているためゲーム序盤から中盤にかけては八葉からも中傷されることもある。
主人公は、院と帝のどちらかの勢力下で日々を過ごすが、属する派は最初に出会った八葉で決まる。その勢力によって、キャラとの恋愛イベントが変化。同じ勢力ならば打ち解けるのも早く、進展も甘くなる。一方、自分と反対の勢力に主人公が属していると、神子の立場に懐疑的な態度を取る期間が長く、切ない雰囲気も混ざるのが特徴である。
歴代の遙かシリーズの中では、映画化やTVアニメ化を含め長期に渡って発展した1や3に比べ、派生作品などのメディア展開が少ない。
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