後天的全身性特殊遺伝多種変性症(ASSHS)と呼ばれる疾患があった。
その罹患者は人妖(じんよう)と呼ばれ、人の限界を超えた様々な特殊能力を持つ。が、それらの常識を超えた力は迫害の対象となり、特定地域への、重篤患者に至っては特殊な医療機関への隔離が行われていた。
主人公の青年武部涼一は幼少の折、変質者からあわや危害を加えられるかという時、逃げ込んだ公園で、そこにあったジャングルジムを操りその不審者を撃退する。恐怖からとったこの行動であったが結果として第参種人妖としての認定を受け、離島の医療施設へ隔離されることとなった。
幼年期から青年期に至るまで、彼はその離島の施設で学び成長した。
そこでの学問の一環として、彼の師とも言うべき九鬼耀鋼と出会い対人妖専門の武術「九鬼流」を教わり、その一方病院裏の森に時々出かけてはそこに暮らしていた白い雌狐(彼がすずと名付けた)との心の交流、先輩患者にして彼の姉のような存在でもあった飯塚薫との親睦などを経て、彼の人物と性格は形成されていった。
ある日、彼は自身の首に爆弾を埋め込まれる手術を受けることとなり、その折病院からの脱走を図るのだが……