前回の戦いから1年が過ぎた太正14年。1年の演習航海を終え、大神は再び花組隊長として帝撃に戻ってきた。しかし、花組メンバーの半分以上は出張中。新しい隊員が加わるが、理由無くいきなり嫌われてしまうという快調とはいえない滑り出しであった。 そんな中、劇場内に緊急警報が鳴り響く。久しぶりに出陣した大神たちの前に立ちはだかったのは、かつての宿敵・葵叉丹。今、新たなる敵「黒鬼会」との戦いの幕が上がろうとしていた…。

作为世嘉《樱花大战》系列的第四代作品，《樱花大战4》简体中文版的故事发生在虚构中太正年间的日本东京。随着时代的发展，东京逐渐变成现代化建筑鳞次栉比，蒸汽铁道、地下铁道纵横交错，马车、人力车和蒸汽车川流不息的繁华都市。然而，就在这片繁华景象之下，却暗藏着各种怪物和咒术。开发团队以这一科学与奇幻交错的时代作为背景，讲述了使用灵力驱动机器人的正义部队——“花击团”对抗邪魔侵袭的故事。 《樱花大战4》继承了前作中融合AVG和SLG的成熟风格，并在紧张战斗中穿插了恋爱养成部分。为了进一步强化这部分内容，开发团队专门制作了众多性格丰满的游戏角色。东京花组8人与法国巴黎花组5人共13名女性角色都将在《樱花大战4》简体中文版中悉数登场，并与魔人展开最终的决战。以“灵子甲胄”为武器的机器人、全新引入的合作系统和友情援助系统将为玩家带来更精彩、更具深度的游戏体验。 太正16年、帝都東京。空中戦艦ミカサの機関部を利用し、帝都は急速な発展を遂げていた。しかしその一方、蒸気機関の暴走事件が頻発するようになる。そんな中、突然魔操機兵が出現。巴里での任務を終え、再び帝撃に戻ってきた大神は、「帝国華撃団・花組」の仲間達と共に武器を手にした。しかし、思いもかけない敵の能力に、花組は史上最大の窮地に陥る……。 絶体絶命の危機に直面し、手の施しようがない花組。そんな中、遥か異国の地フランスより、救いの天使が舞い降りた。大神が隊長を務めたフランスの都市防衛部隊、「巴里華撃団・花組」である。 「帝国華撃団」と「巴里華撃団」。2つの華撃団が力をあわせ、いよいよグランドフィナーレの幕が上がる。

平和がもどってきた巴里の街、そこで華やかなレビューを繰り広げる花組のメンバーたち。 そこに突如として降りかかる謎の行方不明事件。 エリカ、コクリコ、グリシーヌ、ロベリア、花火といった巴里花組の面々は、 それぞれ踊り子の足取りを追おうとする。 そこへ登場するのが 「紅蜥蜴」 に登場した名探偵のモデルとなった青年・明智小次郎。 彼は、妹のミキがシャノワールに踊り子として在籍している繋がりから、巴里へと赴く。 そして、プレイヤーは小次郎（ミキ）となって、事件の中核へと迫っていく。 果たして、プレイヤーは巴里の危機を救えるのか？