主人公・穂積透夜は、民俗学研究を志す大学生。
夏期休暇の始まったばかりのある日、親友の古河俊一とともに、師事する教授の代理としてとある祭を取材するため、紀伊半島にある山間の集落に赴く。
十二年に一度行われるというその祭儀は、集落の外部には一切公開されず参加さえ許されない「秘祭」なのだという。
学者であった亡父の縁続きで、今回に限り調査取材の許可が下りたというのだが…
現地に到着した透夜は、集落の様子に強い既視感を覚え戸惑う。
どこかで見た風景…どこかで感じた空気…
そして、謎めいた少年・羽鳥夕貴との出会い。
夕貴は手栗御坂神社の男巫女「御覡（みかんなぎ）」であり、今回の大祭において大切な役目を担っているらしい。
一方、招かれたとの認識とは逆に集落はひどく排他的で、透夜たちはあからさまに不快な待遇を受ける。
当夜を招いた張本人・手栗御坂神社宮司の神代正嘉の真意も測りがたく、その息子・遼は黙しがち。
羽鳥家と神代家の管財人・久瀬明仁からは、即刻集落を立ち去るようにとの強い警告を受ける。
唯一透夜に親しげな視線を向ける夕貴は、不思議な懐かしさと慕わしさで透夜を魅了するが、祭儀については多くを語らない。
夕貴へ強く惹きつけられる気持ちと、自分の変調に困惑する透夜。
透夜たちが祭への立ち会いを許された本当の意味とは？
集落の人々が口を閉ざし、外部に明かすことのない祭儀の姿とは？
そして「御覡（みかんなぎ）」夕貴の勤める役割とは…？
漠然とした不安の中に置かれた透夜と俊一は事情を探り始めるが、とある事件によって、事態は一変。祭りを控えた集落内には緊張が満ち、それまで閉鎖的とは言え穏やかであったはずの御坂が、少しずつその暗闇を表し始める…