浅羽直之是园原中学校的二年级学生。隶属于非公认的游击新闻部的他，和部长水前寺邦博在暑假期间过者到后山寻找UFO的日子。在园原有个UFO传闻不断的著名空军基地，水前寺在探索它的秘密。不过花了整个暑假，仍然没有得到任何关于 UFO的成果。
暑假的最后一晚，想留下一些回忆的浅羽潜入了学校的游泳池，在那里遇见了名为伊里野加奈的神秘少女。还不能了解状况的浅羽，才刚接触了伊里野，马上就出现了自称伊里野哥哥的谜之男子，将伊里野带走了。
翌日的开学日，伊里野转进了浅羽所就读的班级。因为事件被班上同学孤立的伊里野，与十分在意伊里野的浅羽，还有围绕在少女周围的各式各样奇妙谜团。浅羽直之的UFO之夏，就在夏天的微风当中悄悄地开始了。
这是个少年和少女交织而成，淡淡而悲伤的科幻青春故事。
今回のDS版発売に合わせて、改めて本作品を読み返してみると、個人的な感想として
『イリヤの空、UFOの夏』は『水前寺応答せよ』から始まる後半部分が特に面白いことを再認識させられた。
正直なところ、ラブレター（入部届）、イリヤと浅羽のデート、旭日祭や無銭飲食列伝等の前半部分には、初めて読んだとき
ほどのおもしろさを感じなかった。（つまらなかったという意味ではない）どうにも既読感が拭えなかった。
初読の時に最高のシーンだと思ったブラックマンタとのフォークダンスのシーンでさえ初めて読んだときほどの感動がなかった。
だが、『水前寺応答せよ』にてイリヤが榎本に殴り飛ばされてから、イリヤの髪色の変化等、作品のトーン自体が変化してからの
各シーンには初読の時と同じぐらいストーリーや描写に引き込まれた、文章を夢中になって読み進めることができた。
イリヤが壊れてからの記憶退行と浅羽を認識できなくなる症状は、ネタとしてよく思いついたなと感心する。
そしてあの台詞「好きな人が、できたから」をイリヤに喋らせるまでの展開の流れは神業だと思う。
ゲームのCEROレーティングも前半パートの１が１５歳以上だったのに対して、後半パートの２は１７歳以上に変更になっている。
それだけ過激な描写が増えているということだが、ストーリーの面白さは前半に比して後半の方が圧倒的に高いと個人的には思う。