高天原高校に通う高校二年生の主人公・源九朗はクラス委員を決める日に欠席してしまった為に美化委員長に任命されてしまう。ある日廊下を掃除していると、お掃除を司る精霊・まりーが現れる。まりー曰く、美化委員長の九朗は学園を汚そうと企んでいる悪の組織・ゴワルスキーに対抗する力を持つのは、精霊と契約を交わしたお掃除戦士・くりーんきーぱーだけ。その一員としてお掃除精霊と契約できる女の子を探し出し、学校を汚すゴワルスキーの野望を阻止する使命を負っているのだという。
こうして、九朗のくりーんきーぱー隊員とお掃除精霊探しが始まるのであった。