ゲームソフト涼宮ハルヒシリーズの通算4作品目、Wiiでは『涼宮ハルヒの激動』に続く2作目となるゲーム作品である。
本作は豪華客船を舞台としたアドベンチャーゲームであり、キャラクターや背景は全て3Dで表現されており、会話はキョンの独白を含め全編フルボイスとなっている。また、ゲームオリジナルのキャラクターも登場する。
ニンテンドーDS用ソフト『涼宮ハルヒの直列』と世界観が同じくしており、『直列』の後日の話としてこの『並列』へと続いている。また、ディフォルメキャラクター表示や音楽も2作品で共通している。
なお、本作が発表されたのは『直列』よりも後であったが、『直列』の延期により、本作が先駆けて発売することになった。
また、ほぼ同時期に発売された『涼宮ハルヒの激動』（Wii）と『直列』と、今作を含めた3作によるキャンペーン（涼宮ハルヒの連動）も行われた。