時は大探偵時代。
「フォーチュンリーフ事件」で見事ヨコハマを救った、探偵の養成機関「ホームズ探偵学院」の見習い4人組「ミルキィホームズ」。その指揮官、小林オペラがイギリスに旅立って後、平穏な時が過ぎていた。
そんな折、1人の少女がホームズ探偵学院を訪れた。エラリー姫百合、15歳。
警察学校に通い、将来を嘱望されていたが、ある事件をきっかけに彼女の生活は一変してしまう。怪盗を追っていた際、彼女の中のトイズが目覚めてしまったのだ。そして「トイズを所有していること」を契機に、エラリーは警察とは反目しあっている。ホームズ探偵学院に転入することになる。
さらに彼女は生徒会長代理として現れたジョセフィーヌ・ミステールによってミルキィホームズの指揮官に任命されてしまう。
望まぬ転向、突然の指揮官襲名、自分では御しきれないトイズ。運命に奔走されるエラリー姫百合は、ミルキィホームズとともにさらに苛烈な事件の渦に巻き込まれていく。