長峰智希は風見坂学園に通う2年生。
両親が海外で仕事をしている都合で、入学して以来、幼なじみである深菜川夕陽 （みながわ ゆうひ） の家に下宿させてもらっている。
平穏な学園生活を送り、図書委員会の仕事と、夕陽の家が生業としている喫茶店 『夕顔亭』 の手伝いが、放課後の日課となっていた。
そんなある日。
憧れの先輩で図書委員長でもある綾瀬紗雪 （あやせ さゆき） に一冊の本を勧められ、智希は商店街の外れにある古本屋 『風鈴堂』 に立ち寄る。
寂れた店の外装と調和のとれた店内。 湿り気を帯びた空気、真っ黒に汚れた本棚、ほこりを被った本の数々。
それでも、すぐに店を出るのも悪い気がして、目的の本を探すことにする。
しばしの間、ぶらぶらと店内を眺めていると、何気なく一冊の本が目に留まった。
背表紙に 『your diary』 と書かれた古びた本。 不思議とその本が気になって手に取り、おもむろに表紙を開くと――
温かい光と共に、一人の女の子が飛び出してくる。
「あなたが ゆあの新しいお友達？」
自らを神様と名乗る不思議な少女・ゆあとの出会いをきっかけに、智希を取り巻く女の子たちの運命が動き出す。
真っ白な一冊の日記帳と共に――