「僕らはその夏、ふしぎと出会った」
不思議な予感のする夏を特別なものとする為に、セイは幼馴染のツムギ、親友のカイチと共に“ツチノコ”の自由研究を開始する。
突然現れた謎の少女みゅう、更には秘密結社の構成員を名乗る不審人物シズマ、ぬいぐるみロボットのダンテスを研究チームに加え、セイ達は不思議を追う。
この夏の出会いが、やがて人類に新たな可能性をもたらす事も知らずに……。
未確認生物・宇宙人(?)・秘密結社―――最高の自由研究がはじまる。